Los microorganismos son aquellos organismos, en su mayoría unicelulares, que sólo son observables por medio de un microscopio. Objeto de estudio de la microbiología, muchos de ellos son descomponedores o modificadores de la materia orgánica y otros, causantes de enfermedades.
Es el caso de las bacterias -incluidas en las móneras o reino móneras-; los protozoos y las algas microscópicas -comprendidos en los protistas-, y los hongos microscópicos, como los mohos y las levaduras; así como los virus.