¿Cuál es la diferencia entre por qué, porque y porqué?

Por qué es un pronombre interrogativo que se escribe separado y con tilde. Se usa cada vez que se hace una pregunta, ya sea directa o indirecta:

¿Por qué llegaste tarde? No sé por qué no vino.

Porque es una conjunción causal que se escribe junto y sin tilde. Se utiliza al responder una pregunta o expresar alguna causa:

Porque había mucho tráfico. No vino porque estaba enfermo.
Porqué es un nombre que se escribe junto y con tilde. Es sinónimo o significa lo mismo que razón, motivo, causa, etc:

Desconozco el porqué de su ausencia.

¿Cuáles son las conjunciones causales?